《山东省自然科学基金管理办法》（简称《管理办法》）是省自然科学基金（简称“省基金”）运行的基本遵循，是组织开展省基金工作的重要依据。为贯彻落实国家及省深化科技体制机制改革精神，服务新旧动能转换重大工程，满足科技快速发展对省基金在管理理念、管理模式、资助体系、资金使用等多方面提出的更高要求，更好地推动全省基础研究工作，省科技厅、财政厅对原《管理办法》进行了系统全面的修订完善。
一、基本原则
《管理办法》的修订，坚持对接国家自然科学基金改革举措、满足我省基础研究快速发展需要、探索具有山东特色管理模式的总体思路，注重在继承中改革创新、在学习中吸纳借鉴、在发展中形成特色，突出了省基金支持基础研究和应用基础研究的战略定位，旨在发挥其在推动学科建设、促进人才培养、强化源头供给、支撑创新发展的重要作用。
一是明确省基金的功能定位。省基金主要用于支持开展基础研究、应用基础研究和科学前沿探索。按照“聚焦前沿，鼓励探索，需求牵引，交叉融通”的思路，鼓励自由探索，突出目标导向，强化绩效评价。
二是建立新时代省自然基金资助体系。省基金按照青年基金、面上项目、重大基础研究、优秀青年基金、杰出青年基金、联合基金、应急管理等专项组织实施，根据需要适时作出必要调整。
三是优化省基金的过程管理。统筹考虑省基金项目申报、评审组织、立项实施、监督管理等全过程，系统明确了各环节责任主体、资格条件、运行程序、完成时限和监督评价等任务要求，构建了分工明确、配合衔接、奖罚分明的运行体系。
四是贯彻落实“放管服”改革的要求。坚持以信任为前提，赋予科研人员和法人单位充分的自主权，在规范管理的前提下，努力做到管理程序、过程监督、证明材料等能放则放、能减则减，努力创造科研人员潜心研究的氛围。
二、修订过程
认真贯彻《国务院关于全面加强基础科学研究的若干意见》等文件精神，学习借鉴《国家自然科学基金条例》及相关管理办法，深度参考北京、上海、广东等省份自然科学管理相关规定，在深入调研基础上修改形成《管理办法》（初稿），然后发至高校、科研院所单位书面征求意见。在汇总反馈意见基础上根据科技部、国家自然科学基金委最新改革举措，多次组织专门的座谈会议广泛征求各高校科研单位管理、科研人员的意见，进行了修改完善，最终在吸纳省自然科学基金委委员、相关部门意见建议后，形成现有《管理办法》。
三、主要内容
修订后的《管理办法》在结构和内容均进行了较大的调整与充实，共七章45条，包括了总则、资助体系、组织管理、申报与评审、立项实施、监督与管理、附则等七部分内容。
（一）总则。明确了《管理办法》制定的目的意义、省基金的功能定位和资金来源，提出了省基金遵循的主要思路与基本原则等。
（二）资助体系。将省基金资助体系分为青年基金、面上项目、重大基础研究、优秀青年基金、杰出青年基金、联合基金、应急管理等七类，规定了每类专项的基本要求、条件、目标和执行期限等。
（三）组织管理。主要阐述省基金的管理架构，对省科技厅、省自然科学基金委员会、依托单位、推荐部门等各责任主体各自的职责进行了明确与细化。提出建立山东省自然科学基金管理系统，实现项目全过程网络信息化管理。
（四）申报与评审。对省基金的申报与评审工作流程进行了梳理规范，明确了省基金的申报工作组织、申请人基本条件、项目推荐、项目评审、资助审议等各个环节的具体管理细则。
（五）立项实施。提出了省基金在立项实施过程中的相关管理要求，对项目计划下达、项目经费拨付、项目立项任务书填报、项目变更及终止、项目结题及延期、项目形成的知识产权等做了明确的规定。
（六）监督与管理。明确了对省基金项目在申报、评审和实施过程中项目申请人、依托单位、推荐部门、评审专家等相关主体的监督与管理措施，提出建立信用管理制度，对相关主体分别建立信用档案。
（七）附则。明确了原省基金中培养基金、博士基金、省属高校优秀青年人才联合基金、科技领军人才创新工作室项目在现管理办法下资助体系的归属，以及《管理办法》的解释权和有效期。