近年来，菏泽市高度重视企业科技创新工作，采取了多项行之有效的举措，推动企业科技进步。
    一是大力发展创新型企业。立足本地创新基础薄弱、创新投入严重不足的实际，菏泽市把培育创新型企业作为提升自主创新能力的突破口和重要抓手，集中力量实施重点突破。研究制定了项目安排、财政扶持、税收优惠、奖励激励等一系列政策措施，仅2010年创新型企业减免所得税3398.5万元。搭建产学研合作平台，推动试点企业与中科院、中国工程院、清华大学、天津大学等68家高校、科研单位建立了稳定的合作关系。在加大政府投入的同时，引导督促企业建立健全研发投入制度，2011年上半年研发经费达到4.2亿元，创新型试点企业平均研发经费占主营业务收入的比重提高到4.3%。目前，全市创新型试点企业累计65家，省级创新型试点企业17家，国家创新型试点企业1家，市创新型企业10家，初步建立了我市区域技术创新体系，为全市经济社会快速健康发展提供了有力的技术支撑。
    二是大力培育高新技术企业。对纳入高新技术产业统计范围的30家重点企业、50家科技型中小企业重点扶持，加大扶持力度，重点帮助企业解决发展中的实际问题，在科技攻关、新产品开发、技术改造、政策优惠等方面提供全方位服务，加速企业膨胀，充分发挥骨干企业的支撑带动作用。目前，纳入高新技术产业统计的企业发展到338家，经认定的市级以上高新技术企业达到161家，其中，国家火炬计划重点高新技术企业达到3家，按照新办法重审认定的省级高新技术企业增至12家。高新技术企业不断膨胀，带动了高新技术产业迅速发展，按照新的统计标准，1-９月份，全市高新技术产业产值实现555.82亿元，同比增长46.68%，增幅居全省第1位，高于山东省17.56个百分点，占规模以上工业总产值比重为22.74%；占比比年初增加2.27个百分点，增幅居全省第3位。预计按照新的统计口径，2011年全市高新技术产业产值实现700亿元,占规模以上工业总产值比重达到22.8%。
    三是大力培植创新方法企业。技术创新方法是科学思维、科学方法和科学工具的总称，是自主创新的根本之源。菏泽市将技术创新方法的推广应用，纳入到落实国家、省、市自主创新战略部署的实际工作中，积极开展创新方法试点工作，大力培植创新方法企业。对全市规模以上企业开展创新方法培训，加快创新方法普及应用，增强企业自主创新能力，提高管理人员素质，促进经济效益、社会效益、生态效益取得最大化，加快企业嬗变，从传统企业跃升为现代企业，推动培养和发展科技创新龙头企业，促进全市重点产业技术升级和经济发展方式转变。目前，山东达驰电气有限公司和山东玉皇化工有限公司发展为首批省创新方法试点企业，企业自主创新能力和核心竞争力显著提高，达驰电气“采用国产非晶铁心的高效节能变压器研制及产业化”获得2011年度山东省科技进步奖二等奖，玉皇化工碳五生产工艺水平进入世界前沿，今年1-9月份，玉皇化工、达驰电气入库税金分别为11577.2万元、5437.5万。